民航处新总部大楼座落于大屿山赤腊角，邻近香港国际机场。新总部将集合现时的航空交通管制中心及分散在不同地点的分部办事处於同一大楼内，优化部门内部管理及运作效率。新总部大楼设计包括三个主要大楼，A 区设有一个全新而独立的能源中心，B 区包括航空交通管制中心，办公室丶训练中心丶会议设施及礼堂，而 C 区则用作安放航空天线设施。

新总部大楼于设计及用料上都表现出现代化及明快的形象，并为职员提供安全舒适的工作环境。新总部以玻璃幕墙和铝质骨架作为外墙的主要用料；而地面层则使用石料，给人平和及自然的感觉。三座大楼以位於中央的玻璃大堂及绿化前院入口处为中心，同时亦将室内透明度提到最高，饱览大屿山之开扬景观及海景。

吕元祥建筑师事务所与建筑署丶民航处及承建商紧密沟通及合作，展开快捷的施工方案，确保按期完工。新总部大楼设计上还加入了多项环保建筑理念，包括太阳追踪装置及光纤灯光系统，将自然光带到室内走廊，更少不了绿化天台花园，为员工提供憩息的地方及绿化的工作环境。除此之外，三层组合的低辐射玻璃幕墙亦能提高隔热效能，将大楼与户外高温及噪音隔离，为离赤腊角香港国际机场仅数分钟的民航处新总部大楼提供一片既宁静又高端的环境。